알약은 삼킨 후 식도에 머무르는 시간이 길기 때문에, 캡슐로 된 약물이 식도 점막에 앉아 손상을 일으키게 되는 경우가 있다. 특히 취침 전 알약을 복용한 후 식도 궤양을 일으키는 경우가 많다. 이것은 누워서 자는 자세로 인하여 복용한 알약이 식도에 그대로 남아 식도 점막을 손상시키기 때문이다. 취침 중에는 식도의 운동도 떨어지고 침을 삼키는 횟수도 적게 되어, 삼킨 약물이 식도에서 위장으로 내려가는 시간이 훨씬 길다. 약물 중에 식도 손상을 잘 일으키는 것으로는, 항생제, 아스피린, 퀴니딘(quinidine:심장병 치료약), KCI, Vitamin C, 철분 알약 등이며, 알약의 크기가 클수록 더 심한 손상을 일으키는 경우가 많다. 치료는 꼭 필요한 약물이 아니면 일주일 동안은 복용을 중지하고, 캐러피트(Carafate) 또는 마록스(Maalox) 같은 액체 제산제를 식전 30분에 복용하면 점차 회복된다. 만약 치료 후 호전되지 않으면 식도 내시경 또는 X-Ray로 진단검사 필요하다. 약물에 의한 식도 손상을 예방하는 방법으로는, 정제나 캡슐같은 알약은 반드시 앉거나 서있는 자세로 복용하고 곧 눕지 않도록 한다. 취침 전 복용하는 약물은 최소한 취침 30분 전에 복용하는 것이 좋다. 또 약물을 복용하기 전 미리 물을 한 모금 마시어 목을 미끄럽게 한 후 알약을 복용하는 것이 좋고, 복용 후 물을 한 컵(8온스) 이상 마시도록 한다. 경구복용 약물에 의한 손상은 위장에도 위염, 급성궤양을 일으키는 경우도 있으며, 소화불량, 구토, 복통, 혈변, 설사 등의 증상을 가져올 수 있다. 위장의 손상을 예방하려면 가능한 한 표면막(coating)을 입힌 약물을 사용하는 것이 좋고, 약물 복용시 술과 같이 복용하면 위에 대한 손상이 더 심하게 되며, 우유, 음식, 충분한 물을 같이 쓰면 위에 대한 자극을 줄일 수 있다. 약물은 대장에 영향을 주어 혈압약, 항경련제, 항우울제, 철분 등의 변비를 일으킬 수 있으며, 항생제는 설사를 일으키는 경우가 많다. 특히 엠피실린(Ampiecillin), 클린다마이신(Clindamycin) 등은 대장 안에 정상적으로 기생하는 대장균을 죽이게 되어, 더 나쁜 세균이 번성하는 C-디피실(difficile)에 의한 장염을 일으킬 수 있다. 또 경구복용한 약은 흡수되어 혈류를 타고 간으로 가게 되는데, 간에서는 약물을 우리 몸에 쓸 수 있도록 변형 처리하고, 독성이 있는 부분을 제거하여 배설시키는데, 이때 간 자체가 약물에 의한 손상을 입는 경우가 있다. 약물 사용을 중지하고 간 기능 검사가 정상화 될 때까지 휴식을 취하면 호전될 수 있다.