일본의 '보건 시스템' 수준은 세계 제일이다. 가맹국 191개국의 보건시스템에 대해서 유력하게 기능을 다하고 있는지 없는지를 비교한 결과, 일본이 종합 1위를 차지했다. '보건수명'은 세계 제일이었다고 보여지지만 종합순위와는 달리 보건시스템의 잠재능력을 충분히 살리고 있는가에 대해 비교에서는 세계10위였다.일본은 아직 보건수준을 개선시킬 여지가 있다는 것이다. 보건시스템이란 건강의 개선을 목적으로 한 의료, 예방, 복지 등의 서비스 전반을 가리킨다. 우선 국민의 건강레벨을 표시하는 지표인 '건강수명'(몸과 마음이 모두 건강한 기간)비교에서는 남자가 71.9세, 여자거 77.2세로 일본이 남녀 모두 세계 제일이었다. 또한 건강도의 지역격차가 없는가를 5세 미만의 사망율을 사용해서 비교하면 일본은 3번째로 격차가 적었다. 보건서비스를 받을 때 프라이버시 보호와 선택권 등이 보장되고 있는지에 대해서는 나라 전체의 레벨이 6위, 지역 격차가 적은 것은 3위, 보건서비스를 받는 사람들의 비용부담비율이 공평한가에 대해서는 8위를 각각 차지했다.