호르몬은 종류도 많은 만큼 질병도 다양하다. 가장 흔한 것으로 갑상선질환을 들 수 있는데. 이 질환 가운제 바제도병이 대표적이다. 바제도병은 자가면역에 의해 갑상선호르몬이 필요 이상으로 분비되는 질환으로, 갑상선기능 항진증의 90% 이상을 차지하고 있다. 20~30대 여성에서 많이 나타나며, 최근에는 50세 이상에서도 발생한다. 또 5명 중 1명은 남성이다. 안구가 돌출되거나 갑상선이 부어오르고, 가슴이 두근거리는 증세를 보인다. 이외에도 식욕이 왕성해지는데도 체중은 줄어든다. 체질적으로 유전되기 쉬우므로, 가족 중에 환자가 있을 때는 특히 주의할 필요가 있다. 이와 반대로 갑상선호르몬이 부족해 생기는 하시모토병이 있는데, 갑상선과 얼굴이 부어오른다. 40~50대 여성에게 특히 많다. 또 갑상선 종양이 있으나 대부분은 양성종양이다. 부갑상선 질환으로는 역시 항진증과 저하증이 있다. 항진증은 혈중의 칼슘 수치가 높아져 당뇨병과 비슷한 증상이 나타나면서 식욕부진과 혈뇨 등을 동반한다. 저하증은 칼슘 수치가 저하돼 손이 가끔 저린 것을 느낀다. 뇌하수체의 병도 있다. 이 질환 가운데 말단비대증은 성장호르몬을 생산하는 위치에 종양이 생겨 사지의 말단이 비대해지고, 이마나 턱이 튀어 나오며 혀나 입술이 두꺼워진다. 또 털이 많아지고 땀을 많이 흘린다. 또 뇌하수체에서 프로락틴이란 호르몬이 과도하게 만들어지면, 여성에게는 생리가 없어지는 무월경과 남성에게는 발기부전을 초래한다. 이밖에 부신질환도 호르몬 이상에서 오는 주요 질환 가운데 하나이다. 디슨병에 걸리면 몸이 여위면서 힘이 빠지고, 저혈압과 저혈당의 증세가 나타난다. 여성의 경우는 겨드랑이 털이나 치모가 빠지고, 피부가 거무스름해진다. 고혈압과 월경이상 등을 호소하는 쿠싱증후군, 그리고 남성 성기의 조숙과 여성의 바깥성기에 이상이 나타나는 부신성기증후군도 부신질환의 주요 질환이다.