1928년 알렉산더 플러밍(Alexander Fleming)이 처음으로 페니실린(Penicillin)을 발견한 이후 지금까지 수십 종류의 항생제가 발견, 개발되었다. 첫째, 모든 항생제는 쓰이는 용도에 따라 그 효과와 한계가 있다. 세균에는 대장균, 포도상균, 연쇄상균, 위장균, 르스테리아 등등 수많은 종류의 균이 있으며, 그 세균의 종류마다 쓰여지는 항생제가 다르다. 항생제 투여로 모든 균이 박멸되어지는 것은 아니다. 또한 각 항생제의 종류마다 그 치료의 목표가 되는 세균이 있어, 적절한 치료를 하게 된다. 또한 환경에 따라 어떤 세균들은 항생제에 대한 저항력을 키우게 된다. 이럴 경우 전에는 효과가 있었던 항생제가 이제 더 이상의 효력을 상실하게 된다. 항생제 치료시 가장 중요한 점은 어떠한 세균(Bacteria) 혹은 진균(Fungus), 바이러스(Virus) 치료를 목표로 하는지 잘 가려내어 처방하는 것이다. 둘째, 대부분의 항생제는 일반 감기에는 효과가 없다. 인후염 또는 편도선염(tonsillitis) 증세가 나타날 때 연쇄구균(Streptococus) 검사를 하여, 균의 유무에 따라 항생제가 처방되기도 한다. 하지만 우리가 흔히 아는 일반 감기 원인의 90% 이상이 바이러스성인 점을 감안할 때, 기존의 항생제는 아무런 도움을 주지 못한다. 셋째, 항생제를 잘 구분하여 반드시 필요한 경우에만 사용한다. 무분별하게 사용할 경우 세균의 항생제에 대한 저항력을 키우게 되어, 더 이상 항생제 치료가 불가능한 경우가 발생할 수도 있다. 세균의 저항력 형성으로 인해 항생제 치료가 어려워지는데는 크게 두 가지 원인이 있다. 의사의 불필요한 처방과 환자들이 처방 약을 지시대로 복용하지 않는 점이다. 환자들이 조속한 치료를 원하여 항생제 처방을 바라는 것과 의사들이 무언가 해주어야겠다는 생각이 항생제 남용을 낳는 것이다. 일단 항생제 치료를 시작할 경우 처방의 지시를 따르는 것이 매우 중요하다. 항생제 복용은 각 항생제와 감염 상태에 따라 차이가 있으나, 대개 7일내지 14일 동안 끝까지 복용을 하여야 한다. 많은 사람들이 2, 3일만 복용하고 증상이 호전되면 중도에 그만두어 버리는데, 이럴 경우 세균이 잠식하게 되어 재발을 야기시키거나 다음 치료를 어렵게 만든다. 위의 문제들은 미국이나 유럽보다 한국이나 일본에서 크게 두드러지는데, 이는 의사 처방전 없이 약국에서 직접 항생제를 구할 수 있기 때문이다. 그만큼 의사의 관리(Supervision)가 없으므로 결국 항생제를 남용하게 되고, 이러한 저항력의 문제를 극대화시키고 있다.