전자상거래를 실용적으로 운영하기 위한 핵심사항은 전자결제 시스템이며 이러한 전자결제 시스템은 신용카드로부터 시작해 e-cash와 같은 전자화폐로 발전하고 있다. 전자결제 시스템의 핵심 기술은 보안기술로서 전자화폐의 발행, 결제 등의 단계에서 개인의 정보누출 방지와 같은 문제를 해결하기 위해 공개키 암호화, 디지털 서명 등의 암호 기술이 사용되고 있다. 전자화폐는 사용자가 은행에 구좌를 개설해 전자화폐를 발행 받는 발행단계와 상점에서 물건을 사고 전자화폐를 지불하는 지불단계, 그리고 상점이 은행에 전자화폐를 제출하고 자신의 구좌에 돈을 넣는 결제단계로 이뤄진다. 일반적인 컴퓨터 시스템, 특히 네트워크에 연결된 컴퓨터는 외부의 특정인이 시스템에 침입해 불법적으로 컴퓨터 시스템을 사용하거나 정보를 유출·파괴할 위험도 있다. 일반적으로 이런 위협을 방지하기 위해 방화벽 같은 시스템을 사용하기도 한다. 그러나 전자상거래는 불특정 다수의 접근을 허용하는 응용시스템으로서 방화벽을 사용하는데 제약을 받을 수도 있다. 따라서 웹 호스팅 업체에 전자상거래를 위한 웹사이트 구축을 위임할 경우 적절한 시스템의 운영지침과 내부사용자에 대한 보안대책의 철저한 처리를 요구해야 효과적 사이트의 관리가 가능해 진다.