WTO의 사무국은 스위스 제네바에 있고 사무총장과 4명의 사무차장 이하 5백여명의 직원들이 일을 하고 있다. WTO협정이 잘 지켜지도록 회원국을 관리하면서 분쟁이 생기면 이를 조정하거나 누가 옳은지 판정하는 것이 주요 임무이다. 물론 시대 변화에 따라 새로운 국제경제 질서에 관한 정책도 연구한다. 과거 관세무역일반협정(GATT)는 선진국에 유리한 면이 있었지만, 현재 WTO에는 회원국만 1백70여개국에 이를 정도여서 사정이 다르다. 미국과 같은 나라는 '너무 개발도상국의 입장만 반영한다'고 종종 불만을 나타내기도 한다. 실제로 WTO의 협정내용이나 규정을 보면 나라별 상황에 맞춰 단계적으로 시장을 개방하고 관세율을 내리도록 하는 경우가 많다. 개발도상국이나 최빈국을 위한 특별규정이나 예외규정도 많다. 환경·생물자원 보호는 최근 들어 더 강조되고 있고 보조금도 환경을 위해서라면 허용되는 경우가 대부분이다. 물론 여기에는 이미 개발을 마친 선진국의 전략도 숨어있다. 우리나라는 농산물 부분을 제외하면 대체로 WTO체제에 따르는 게 유리하다고 한다. 각국의 보호무역정책이 완화됨으로써 공산품의 수출이 쉬워지고 강대국의 횡포에도 맞설 수 있게 됐기 때문이다.