체질에 맞지 않는 보약을 사용하거나 남용하면 오히려 부작용을 불러일으킬 수 있다. 보약의 약효는 기의 편중으로 나타나게 되는데, 만일 증상과 체질에 맞지 않는 약을 잘못 복용하게 될 경우 바로 그 보약이 가지는 기의 편중이 인체와 조화를 이루지 못하게 되어 건강을 해치게 된다. 흔히 보약의 대명사로 인식되는 인삼의 경우 체질에 맞지 않으면 두통과 불면증, 혈압상승과 심장질환이 발생하기도 한다. 기력을 높여준다는 십전대보탕 또한 설사나 소화장애를 일으킬 수 있다. 특히 간이 좋지 않은 사람이 복용하면 혼수상태에 빠지거나 심하면 목숨을 잃을 수도 있다. 최근 조사결과 직장인의 87%가 보약을 복용한 경험이 있으며, 복용 후 10명 중 3명은 별 효과가 없었다고 응답했다. 한방 전문의들은 보약에도 독성분이 있기 때문에 의사의 정확한 처방 없이 먹으면 오히려 건강만 해칠 수 있다고 경고한다.