의학적 왜소음경이란 모양은 정상이나 실제의 크기가 정상 길이보다 2cm이상 비정상적으로 작은 음경을 말하며, 2천명에 1명 꼴로 매우 드문 질환이다. 음경 형성기는 정상적으로 진행되지만 발육기에 장애가 있을 때 왜소음경이 발생될 수 있다. 태아의 성선호르몬 생산이 억제되는 상황이 이런 조건을 유발하는 것으로 추측되고 있다. 또한 음경둘레의 측정이 중요하다. 이것은 해면체 조직이 없거나 감소되었으면 장래에 기능적 문제가 발생하기 때문이다. 음경의 형성과 성장은 테스토스테론의 영향을 받는데, 테스토스테론의 생성이 안되거나 활성화된 형태로 변환되지 않을 때와 세포 내로 이동이 안될 때 왜소음경이 발생한다. 이로 인해 태생 후기에 형성되는 고환 및 음낭의 장애가 함께 나타나기도 한다. 왜소음경의 원인으로는 시상하부 뇌하수체축의 이상으로 내분비 장애가 있는 경우와 고환기능의 장애 등이 있고 원인 불명인 경우도 있다. 왜소음경일 경우 골성장지연, 무후각증, 학습능력감소, 부신피질자극호르몬과 갑상선자극호르몬의 결핍 등이 함께 나타나므로, 내분비 및 중추신경계에 대한 이상유무를 확인해야 한다. 치료는 음경성장에 충분한 안드로겐을 공급하면서 다른 성장장애와 골단폐색을 초래하지 않도록 하는 것이다. 그 외 근육주사법이나 테스토스테론연고 도포법을 사용한다. 치료는 1세 경에 시작하며, 치료전후에 잡아당겨서 측정한 음경길이로 치료판정을 한다. 성장하면서 음경크기가 정상보다 작아지면, 테스토스테론 투여를 반복한다.