음경은 잘 움직이고, 잘 보호되는 위치에 있기 때문에 손상을 입는 경우가 드물다. 그러나 총상에 의한 관통상, 타박상에 의해 손상 받는 일이 있고, 발기된 상태에서 외부의 힘이 작용하면 음경백막이 파열하기 쉽다. 음경 손상의 약 1/3은 성교 중에 발생한다. 드물게 자해 행위나 배우자 등에 의한 음경 절단도 볼 수 있으며, 음경 피부나 귀두가 바지 지퍼에 끼여 손상되는 경우도 종종 있다. 음경에는 해부학적으로 골조직 즉 뼈가 없으나, 음경 파열을 골절이라고 한다는 점이 특이하다. 음경골절이 일어나면 환자는 통증을 호소하게 되며 흔히 혈종을 볼 수 있다. 음경 크기를 확대할 목적으로 사용되는 링이나 음경에 삽입된 파라핀 등의 이물에 의해 음경 피부가 괴사를 일으키는 경우도 있다. 증상으로는 동통을 호소하게 되고 혈종이 보이고, 치료에는 보존적 요법, 혈종제거, 백막봉합, 요도성형술 등의 수술요법이 있다. 좌상(타박상) 등 가벼운 손상에서는 혈종과 동통에 대해 냉·온찜질을 하거나 압박 붕대로 감아주면 호전되지만 음경 골절이나 요도 손상이 동반되었을 경우에는 혈종 제거, 봉합, 요도 성형술 등의 수술 요법을 시행해야 한다. 음경 크기를 확대할 목적으로 사용하는 링이나 음경에 삽입된 파라핀 등의 이물이나, 충격에 의한 손상으로 음경 피부가 손상된 경우에는 괴사 조직을 제거한 후 봉합해야 한다. 성기가 완전히 절단되었을 때에는 현미경적 미세 혈관 복원술을 시행한 뒤 해면 조직 및 요도를 복구하는 것으로 치료할 수 있다.